有業內人士認為，使用微生物菌肥，增加土壤有機質、采用生物吸收法如施用金寶貝微生物菌肥，可以起到減輕甚至修復土壤重金屬污染等情況。
現階段，我國土壤重金屬污染問題嚴重，這主要是由于人們對化肥農藥的錯誤認識，為了增加產量，盲目使用農藥、化肥、激素、除草劑等化學用品，使土壤不堪重負，近期召開的中央會議中明確提出切實保障國家糧食安全，為了農業的可持續發展，發展有機農業成為現階段的熱門話題，而微生物菌肥也越來越受人們重視。
現階段，我國大部分地區都有微生物菌肥的應用，微生物菌肥是從有益微生物中挑選生存幾率高、適應性強，對植物具備保護及幫助作用的功能型微生物菌，能夠加強植物的吸收能力，包括對礦物元素及水分的吸收。而且還可以促進植物的生長發育，增強植物的抗病性和抗逆性，改善農作物生長的微生態環境。
微生物菌肥中含有豐富的有機質，可改良土壤的物理性狀，改善土壤的團粒結構，從而達到疏松土壤，減少土壤板結形成的作用。根據不同農作物生長需求不同的特點，近年相關部門在小麥、玉米、馬鈴薯等作物上進行了微生物菌肥應用的田間試驗。結果表明，可使小麥、玉米、馬鈴薯化肥基肥的用量減少30%左右，使玉米，小麥的產量比常規施肥高4.7%和18.1%，馬鈴薯產量提高11.5%。
微生物菌肥適用于許多農作物種類，包括豆科作物、糧食作物、經濟作物、蔬菜瓜果等，生態農業發展趨勢越來越強，未來微生物菌肥發展前景十分廣闊。
